Identification and Characterization of Specialized Ribosome Subtypes
Independent Research Fund Denmark
Københavns Universitet
Cellens proteinproduktion varetages af ribosomet, som er et dybt konserveret maskineri, der findes i alle livsformer. Ribosomet består i menneskeceller af et kompleks af 4 ribosomale RNA molekyler samt 79 proteiner. Det ribosomale RNA (rRNA) bærer en lang række kemiske modifikationer, hvoraf 2’-O-methyl findes på 112 rRNA positioner. Vores hidtidige studier har vist, at nogle af de 112 positioner kun er methyleret på nogle ribosomer, samt at nogle modifikationer kan regulere ribosomets funktion. I de tidligste stadier af fosterudviklingen ændres ribosomets sammensætning og mønstret af 2’-O-methylering, hvilket indikerer, at der findes forskellige ribosom-subtyper med forskellig funktion. Vi ønsker i dette projekt at kortlægge 2’-O-methyleringer af rRNA i tidlige udviklingstrin ved hjælp af en ny avanceret sekventeringsmetode, hvor vi kigger på et enkelt molekyle ad gangen. Til brug for dette har vi udviklet en avanceret computer-algoritme, som kan identificere 2’-O-methyleringer på enkelt molekyle-niveau. Efterfølgende vil vi i celler genskabe specifikke ribosom-subtyper, for at studere om disse udfører specialiseret proteinproduktion, samt afdække hvordan dette spiller ind på celledifferentieringsprocessen i de tidlige udviklingsstadier.
Research Projects (Max 10 MDKK) / DFF-Forskningsprojekt1 / grant